Misi MTsN 4 Bantul adalah sebagai berikut:

1. Menciptakan lingkungan pembelajaran yang kondusif, menumbuhkembangkan semangat keunggulan dan berpikir positif sehingga berkeinginan untuk terus maju dan berprestasi.
2. Menyelenggarakan kegiatan pembelajaran terintegrasi dengan kecakapan hidup meliputi keterampilan, kedisiplinan, dan mengembangkan teknologi informasi komunikasi dalam pembelajaran serta administrasi madrasah.
3. Menciptakan lingkungan pergaulan dan pembiasaan yang islami dalam rangka membentuk karakter yang berkualitas
4. Menumbuhkembangkan rasa cinta dan peduli lingkungan dalam rangka pelestarian alam dan fungsinya.