Madrasah Tsanawiyah Negeri 4 Bantul didirikan pada tanggal 16 Maret 1978 yang terletak di Desa Karanggayam Kecamatan Bantul Yogyakarta. asal mula MTs Negeri Bantul Kota adalah PGA Madrasah Tsanawiyah Negeri Bantul Kota, didirikan pada tahun 1957 yang dikenal dengan nama PGAL (Pendidikan Guru Agama Lengkap). MTs Negeri 4 Bantul sudah mengalami pergantian kepala sekolah sejak tahun 1970 sampai sekarang sebanyak Sembilan kali.

Dari tahun ke tahun, MTS Negeri Bantul berkembang dengan pesat dan selalu mengikuti perkembangan dalam bidang Pendidikan dan tehnologi terkini. Dan kini MTs N Bantul Kota telah berganti nama dengan MTs N 4 Bantul.